CNV致病性评分标准 补充说明 (ACGS v1.2版本 2024年)

主要观点总结

文章介绍了ACGS质量小组委员会于2024年2月20日批准的最新版本v1.2，对CNV和SNV的致病性判读标准进行了补充和说明。内容涵盖CNV分类评分标准、CNV评估方法、涉及基因或区域的CNV评估、与其他拷贝数的评估、复杂重排CNV的评估、位于X染色体的CNV评估、CNV评级的一致性、CNV的评级、CNV评分标准说明等。

关键观点总结

关键观点1: CNV分类评分标准

CNV分类评分标准主要用于评估涉及孟德尔显性遗传疾病相关的基因或基因组区域的CNV，通常这些CNV是单拷贝的缺失或重复(拷贝数为1或3)。评分标准假定CNV已达到实验室报告的大小阈值和质量阈值。

关键观点2: CNV评估方法

评估CNV时，需要使用与其类型相同的证据类型。尽管CNV分类评分标准的制定并不是为了独立应用于X连锁基因/区域或那些外显不全和/或可变临床表型相关的基因，但目前仍可使用。

关键观点3: 涉及基因或区域的CNV评估

对于涉及基因或区域的CNV评估，需要综合考虑CNV的范围、遗传模式和病例表型信息，并参考DECIPHER数据库中的编码蛋白质的基因数量。

关键观点4: 与其他拷贝数的评估

评分标准也可用于评估其他拷贝数类型，如纯合缺失(拷贝数为0)或多拷贝重复(拷贝数为4)。在评估时，需要使用与其类型相同或相似的证据。

关键观点5: 复杂重排CNV的评估

对于复杂重排，如非平衡易位既有缺失又有重复，应先单独评估每个CNV，例如使用缺失标准评估缺失片段，使用重复标准评估重复片段。整体评估应使用最严重的分类。

关键观点6: 位于X染色体的CNV评估

尽管X染色体在女性和男性中的拷贝数不一致，但评分标准仍可用于评估X染色体上的缺失和重复。在评估X染色体上的CNV时，应基于现有证据进行分类，而不考虑性别因素，但应当在报告中注明患者或携带者状态。

关键观点7: CNV评级的一致性

CNV的评级在不同个体间应当保持一致性，而不因年龄、性别、表型等因素进行改变。

关键观点8: CNV的评级

当评分≥0.99或≤-0.99时，CNV就可以分类为致病或良性。但应当充分考虑评分标准的其他部分，尤其是文献评估部分，以明确是否有其他相关临床信息需要报告。

关键观点9: CNV评分标准说明

CNV评分标准说明涉及基因组含量的初步评估、与明确HI/TS区域重叠的评估、基因个数评估、病例证据、文献和数据库中CNV的家系分离情况、病例-对照及人群数据、CNV的遗传模式和家族史等。

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