Protein & Cell 丨cFOOT-seq：单分子、单细胞分辨率的转录因子占位检测新平台

主要观点总结

文章介绍了同济大学张家民课题组与多位老师合作开发的新型cFOOT-seq技术，该技术用于全基因组范围内检测转录因子（TF）的占位。文章关键点是cFOOT-seq技术基于高效、低序列偏好的双链DNA脱氨酶SsdA tox，能同时检测染色质开放性、核小体定位和转录因子足迹，突破了传统技术的限制。该技术可与ATAC-seq联合，实现单分子及单细胞层面上的TF结合占位分析。研究团队还开发了FootTrack分析平台，用于精确量化TF占位强度，并发现新的TF结合模式和调控因子。cFOOT-seq技术在解析转录因子动态变化方面也展现了有力工具，有助于推动转录调控机制研究进入新阶段。

关键观点总结

关键观点1: cFOOT-seq技术的开发

基于SsdA tox脱氨酶，实现全基因组范围内以单碱基分辨率同时检测染色质开放性、核小体定位和转录因子足迹。与ATAC-seq联合应用，可定量分析大量转录因子的结合占位信息。

关键观点2: cFOOT-seq技术的优势

具备高灵敏度和单分子/单细胞分辨率，可突破传统方法在多靶点和灵敏度上的限制。适用于开放区和非开放区，对低起始量样本表现出卓越性能。

关键观点3: FootTrack分析平台的应用

研究团队开发了FootTrack分析平台，通过FOS和TFOS指标，实现已知结合位点上TF占位强度的精确量化，并支持重头（de novo）足迹预测。

关键观点4: cFOOT-seq技术在解析转录因子动态变化的应用

利用cFOOT-seq技术捕获不同细胞类型的关键TF占位，解析OSKM诱导重编程及SWI/SNF染色质重塑因子抑制/恢复过程中的TF动态变化。

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