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空转|CARD-结合scRNA解决空间转录组spot注释,还能增强空间精度?!

生信补给站  · 公众号  ·  · 2024-11-22 13:50
    

主要观点总结

本文介绍了使用CARD方法进行空间转录组spot注释的流程,包括安装和使用CARD包,构建CARD对象,进行CARD解卷积,CARD可视化,提升空间图谱精度等步骤。

关键观点总结

关键观点1: 安装和使用CARD包

安装CARD包并加载必要的R包,包括CARD、Seurat、patchwork和tidyverse等。

关键观点2: 构建CARD对象

准备数据,包括单细胞转录组数据、空间转录组数据等,然后构建CARD对象。

关键观点3: CARD解卷积

使用CARD_deconvolution函数进行解卷积,得到每个Spot的细胞类型比例结果。

关键观点4: CARD可视化

使用CARD.visualize函数绘制spot的细胞类型分布饼图,展示感兴趣的细胞类型在空间中的分布,以及两种细胞类型的可视化对比。

关键观点5: 提升空间图谱精度

使用CARD.imputation函数提升空间图谱精度,通过可视化对比提升前后的空间位置网格轮廓来评估提升效果。


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