使用命令版NCBI-Blast进行序列比对

主要观点总结

本文介绍了使用NCBI-blast软件进行批量序列比对的方法，包括软件安装、基本命令、创建本地BLAST数据库、重要参数调整以及参考文档链接。

关键观点总结

关键观点1: 批量序列比对需求及工具选择

当需要比对100个或更多的序列时，不能通过逐个粘贴的方式操作，需要使用命令版进行比对操作。

关键观点2: NCBI-blast软件安装及路径设置

介绍了如何下载NCBI-blast软件及其软件包，并提供了linux版本的解压缩及设置路径的指令。

关键观点3: BLAST基本命令及功能

详细介绍了BLAST的几种主要命令及其功能，包括blastn、blastp等，并给出了blastn基本用法的示例。

关键观点4: 创建本地BLAST数据库

解释了如何使用makeblastdb命令创建本地BLAST数据库，包括输入文件的格式和dbtype的选择。

关键观点5: BLAST重要参数调整

介绍了BLAST的一些重要参数，如e值阈值、max_target_seqs和max_hsps，并详细解释了它们的含义和如何修改脚本以调整这些参数。

关键观点6: BLAST输出格式

介绍了BLAST的默认输出格式以及如何调整输出格式，包括不同的输出选项和对应的数值，以及如何使用blast_formatter程序将输出转换为其他格式。