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easybio—使用 CellMarker2.0 进行单细胞注释的 R 包

生信益站  · 公众号  ·  · 2024-09-20 08:00
    

主要观点总结

文章介绍了easybio这个R包在单细胞注释方面的应用,包括如何使用CellMarker2.0数据库进行细胞类型注释,以及其他功能如RNA-seq分析等。文章还提供了安装和使用easybio的指南,以及一些参考教程和联系站长的信息。

关键观点总结

关键观点1: easybio是一个R包,旨在使用CellMarker2.0数据库与Seurat结合简化单细胞注释。

easybio提供了单细胞注释和其他生物信息学工作流程的支持,如RNA-seq分析。

关键观点2: 使用easybio进行单细胞注释的步骤包括设置ggplot2主题,运行Seurat pbmc工作流程,使用cellmarker2.0注释簇,以及根据点图对聚类进行注释。

easybio还提供其他功能,如从GEO到limma‐voom RNA测序工作流程和GSEA/ORA(富集分析)可视化。

关键观点3: 读者可以通过提供的链接了解如何使用easybio进行单细胞注释和其他功能,也可以通过留言或加入QQ交流群获取更多信息。

文章中鼓励读者关注、点赞、在看、转发,以支持益站的发展。


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